相対パス指定に上位ディレクトリーを参照する「..」がある場合には.os.path.normpath(os.path.join(パス1, パス2)) のようにします.
import os.path
path_abs = '/home/yamamoto/hoge/fuga/'
path_rel = '../foo'
path_file = '../../settings.ini'
res_a = os.path.join(path_abs, path_rel, path_file)
res_b = os.path.normpath(os.path.join(path_abs, path_rel, path_file))
print('join: {0:s}'.format(res_a))
print('normpath(join): {0:s}'.format(res_b))
join: /home/yamamoto/hoge/fuga/../foo/../../settings.ini normpath(join): /home/yamamoto/settings.ini