第一原理電子状態計算ソフトウェアPHASE

準備

私の環境(OS: Ubuntu 12.04，CPU: AMD Athlon(tm) II X2 240) にインストールしたときの手順を示します．PHASE のユーザマニュアルを見ると，いろいろなソフトウェアーが必要です．以下，数学パッケージとFORTRANのインストールに分けて説明します．

数学パッケージ等のインストール

何が必要か?

PHASE を動かすためには，さまざまなパッケージやライブラリーが必要です．必要なソフトウェアーは，マニュアルの「PHASE の計算機環境」に書かれています．

Linux で GNU Complier(gfrortran, gcc)を使う場合，LAPACK や BLAS，ScaLAPACK が必要です．LAPACKは有名な線形代数計算のライブラリー，BLAS はベクトルと行列の操作をするライブラリーです．ScaLAPACK には，分散メモリ型MIMD並列コンピューター用に再設計された LAPACKのサブセットがあります．

Linux で Intel FORTRAN を使う場合，MKL あるいは ACML が必要です．MKL は，Intel の演算ルーチンライブラリーです．ACML は，AMDが作成した数値計算のための数値演算ルーチンです．

また，OpenMPI のような Message Passing Interface(MPI)もあると良いでしょう．

インストール

OpenMPI は入っていなかったので，以下のコマンドでインストールしました．

$ sudo  apt-get  install  openmpi-bin  openmpi-dev

次に，LAPACK と BLAS をインストールします．LAPACK ― Linear Algebra PACKageのページから最新バージョン(ver 3.5.0)を適当な場所にダウンロードします．ダウンロードしたファイルは，以下のコマンドで解凍します．

$ tar  zxvf  lapack-3.5.0.tgz

できあがったディレクトリーに移動し，そこにあるファイル「make.inc.example」を「make.inc」にします．

$ cd  lapack-3.5.0
$ mv  make.inc.example  make.inc

blaslib と lapacklib を make します．

$ make  blaslib
$ make  lapacklib

できあがった librefblas.a と liblapack.a を適当なディレクトリーにコピーします．

$ sudo  cp  librefblas.a  /usr/lib/libblas.a
$ sudo  cp  liblapack.a  /usr/lib/liblapack.a

以上で，準備完了です．

インストール中に，「/usr/include/features.h:324:26: 致命的エラー: bits/predefs.h: そのようなファイルやディレクトリはありません」というようなエラーが出るときには，libc6-dev-i386 をインストールすると解決します．

$ sudo  apt-get  install  gcc-multilib

FORTRANコンパイラー

コンパイラーは，バージョン 4.1 以上の GNU Compiler (gfrotran, gcc)，あるいは Intel FORTRAN が必要です．私の場合(Ubuntu 12.04)，gcc はバージョン 4.6.3 だったので，そのままインストールできるはずです．そのため，最初の PHASE のインストールは gfortran 環境で実施しました．しかし，途中でインストールに失敗しました．

そこで，Intel FORTRAN 環境で PHASE をインストールすることにしました．

PHASE のインストール

ファイルの解凍とシェルスクリプトの書き換え

NIMS / Nano-simulation Softwareのページから，Downloadsの PHASE システム ダウンロードをクリックして，いろいろな手続きをしてフルパッケージをダウンロードします．ダウンロードしたファイルを解凍します．

$ tar  zxf  phase0_2014.01.tar.gz

Ubuntuの場合，解凍されたファイルそのままの状態ではインストールできません．インストール用のシェルスクリプト(install.sh, configure)の書き換えが必要です．Ubuntu の /bin/sh は dash(Debian Almquist shell)にリンクが張られています．このシェルスクリプトは bash (bourne-again shell)で実行する必要があります．そこで，以下の通り書き換えます．まずは，インストール用のシェルスクリプトのあるディレクトリーに移動します．

$ cd  phase0_2014.01

そして，install.shの 1 行目と 32 行目を以下の通り，書き換えます．

#!/bin/bash                             1行目: sh → bash に
# PHASE installer
# Copyright (C) 2007 Takenori YAMAMOTO

echo " === PHASE installer ==="
while [ 0 -eq 0 ]

     ⋮

cd src_phase
bash configure                           32行目: sh → bash に
if [ ${?} -ne 0 ]; then
exit 1
fi
break

     ⋮

次に，configure のあるディレクトリーに移動します．

$ cd  src_phase

そして，configureの 1 行目を以下の通り，書き換えます．

#!/bin/bash                             1行目: sh → bash に
# configure
# Makefile generator for PHASE
# Copyright (C) 2007 Takenori YAMAMOTO
echo 'GenMake ver 1200'

     ⋮

インストールシェルスクリプトの実行

ディレクトリー phase0_2014.01に戻り，インストールシェルスクリプト「install.sh」を実行します．

$ ./install.sh 
 === PHASE installer ===
 Do you want to install PHASE? (yes/no) [yes]

GenMake ver 1200
Supported platforms
 0) GNU Linux (IA32)
 1) GNU Linux (EM64T/AMD64)
 2) NEC SX Series
 x) Exit
Enter number of your platform. [0]
1
Selected platform: GNU Linux (EM64T/AMD64)
Supported compilers
 0) GNU compiler collection (gfortran)
 1) Intel Fortran compiler
 x) Exit
Enter number of a desired compiler. [0]
0
Selected compiler: GNU compiler collection (gfortran)
Supported programming-models
 0) Serial
 1) MPI parallel
 x) Exit
Enter number of a desired programming-model. [0]
1
Selected programming-model: MPI parallel
Selected MPI library: MPICH1/MPICH2/Open MPI

Supported BLAS/LAPACK
 0) Netlib BLAS/LAPACK
 1) Intel Math Kernel Library (MKL)
 x) Exit
Enter number of a desired library. [0]
0
Selected BLAS/LAPACK: Netlib BLAS/LAPACK
Supported FFT libraries
 0) Built-in FFT subroutnes
 1) FFTW3 library
 x) Exit
Enter number of a desired library. [0]
0
Selected FFT library: Built-in FFT subroutnes

 Do you want to edit the makefile that has been generated? (yes/no/exit) [no]

 Do you want to make PHASE now? (yes/no) [yes]

cd LAPACK; make F77="mpif90 -m64" F77FLAGS="-O2 -ffixed-form" AR="ar -vq"
make[1]: ディレクトリ `/home/yamamoto/install/phase/phase0_2014.01/src_phase/LAPACK' に入ります

ページ作成情報

参考資料

更新履歴

last update:2016/03/24 03:54:08